新潟东部太阳能电站（1号系统）的另一个特点是，为了进行技术验证而设置了配备有太阳追踪系统的模块（图5）。设置了4.5kW单轴追踪型和4.5kW双轴追踪型两种模块。
 |
| 图5 利用追踪系统来提高发电量 新潟东部太阳能电站（1号系统）采用了单轴和双轴追踪系统。双轴跟踪型的平均日照量较多。（表由《日经电子》根据新潟县的资料作成） |
其中，单轴跟踪型可根据预先设定的太阳位置，利用伺服马达沿着东西方向在＋60度到－60度范围内调整模块角度。
双轴跟踪型除了单轴跟踪型的功能之外，还能随着季节改变模块的南向角度。比如，4～7月为20度，8月为24度，9月为35度，10～3月为40度。两种类型均具备强风时使模块变成水平角度、为防止模块积雪而在夜间增大角度后待机的功能。
比较单轴跟踪型与双轴跟踪型的平均日照量就会发现，几乎全年都是双轴跟踪型较多。2012年8月，单轴跟踪型为0.24kWh/m2（发电量为738kWh），而双轴跟踪型为0.28kWh/m2（发电量为790kWh）。由于两种类型的太阳能电池模块数量和功率调节器的类型相同，因此是跟踪系统的不同使其产生了这样的差别。
据介绍，新潟东部太阳能电站（1号系统）至今尚未发生过导致更换模块及功率调节器等的问题。今后该电站将在测量发电量的同时，继续验证调整角度所产生的效果等。
